První muzea na našem území byla muzea církevní. Slezské zemské muzeum v Opavě je třetím největším muzeem u nás a nejstarším necírkevním muzeum na území České republiky. Založeno bylo v roce 1814 v místním gymnáziu. Nejvýznamnějším muzeem České republiky je Národní muzeum v Praze. To bylo založeno v roce 1818, ale v současné budově sídlí až od roku 1891. Pod Národní muzeum, jehož hlavní budova sídlí na Václavském náměstí, spadají také další muzea. K těm patří například Náprstkovo muzeum asijských, afrických a amerických kultur, Národní památník na Vítkově nebo České muzeum hudby. Muzea se nacházejí také v řadě dalších měst po celé České republice a často věnují regionální historii.