Jednoho dne se v hanzovním městě Hameln objeví krysař. Všichni ho jako cizince považují za někoho méněcenného. V podobné situaci vyloučení je také rybář Sepp Jörgen, který není hloupý, ale jeho údělem je příliš pomalé přemýšlení. Co mu lidé řeknou jeden den, uvědomí si až druhý, a tak se tento rybář stává centrem výsměchu okolí. Krysařovi je jedno, za co ho lidé mají, dokud se nezamiluje do Agnes, měšťanky, která jej od jeho příchodu ve svém domku ubytovala. Ona jeho lásku opětuje. Náhle zjistí, že čeká nechtěné dítě s bývalým milencem. Mezi všemi tak nastává konflikt.
Krysař svůj úkol vyhubit všechny krysy ve městě splní díky své kouzelné píšťale, kterou dokáže lákat jakoukoliv živou bytost. Radním se to však nelíbí a chtějí mu dát méně peněz, protože si myslí, že je nabyl příliš snadno. On se brání tím, že je placen za práci a ne za způsob, kterým ji vykonal. Spor vyvrcholí hádkou v městské hospodě U Žíznivého člověka, což nebývá zvykem, neboť všichni obyvatelé si obou radních nesmírně cení a mají je v úctě. Po této hádce a poté co zjistí, že Agnes čeká dítě svého milého Kristiána, rozhodne se město opustit. Než to však udělá, táhne ho něco zpět do hostince. Tam se setká s pomocníkem ďábla, který mu nabízí věčný život, když bude se svojí píšťalou škodit lidem. Krysař nabídku razantně odmítá a opouští město.
Láska k Agnes je silnější než jeho vůle a přinutí ho vrátit se. Nikde ji nemůže najít, a když zjistí, že se ze žalu zabila skokem do propasti a její matka se z toho zbláznila, rozhodne se celé město pomocí své píšťaly odvést na okraj propasti hory Koppel. Učiní tak ne pro peníze, které mu měly být vyplaceny, ale ze zármutku ze zklamané lásky. Během tónů jeho písně se ve všech lidech probouzí dávno zapomenuté touhy, a proto ho následují k hoře Koppel, kde ukončí svůj život v propasti s nadějí, že se dle pověsti dostanou do Sedmihradské země, kde je všeho dostatek, pohoda a odpuštění. Krysař doufá, že se opět setká se svou láskou Agnes, jež byla jediná, která v něm během jeho životního putováním probudila city. Ve vesnici zůstane živ jen rybář Jörgen, který vše pochopí až následujícího dne a chce též ukončit svůj neveselý život plný pohany a výsměchu. Od tohoto činu ho odvrátí kojenec, kterého nalezne opuštěného a hladového ve městě. Jörgen se vydá hledat matku, která by se o holčičku postarala.