Martin Černý je autorem publikace „Vážky České republiky – příručka pro určování našich druhů a jejich larev“. Jedná se o vysoce moderní a aktuální příručka, která je uzpůsobena tak, aby si ji badatel mohl vzít sebou do přírody a prakticky podle ní určovat jednotlivé druhy vážek. Formát je sice praktický, ale kniha stále zvládne pojmout všechny druhy, které se u nás vyskytují. Příručka se také snaží najít ten nejpřístupnější klíč k rozpoznávání jak dospělých jedinců, tak také k poznávání larev, a tudíž není kniha určena pouze pro odborníky, ale rovněž také pro širokou veřejnost. Martin Černý je rovněž autorem publikace „Malý atlas městské dopravy 2002“.