Zdeněk Vacek patří k našim předním odborníkům v oblasti histologie a embryologie. Do roku 1990 stál v čele pražského Ústavu histologie a embryologie při 1.lékařské fakultě UK. Zaměřoval se především na studium srovnávací morfologie a funkční projevy placenty. Věnoval se pedagogické činnosti při výchově budoucích lékařů a publikoval několik odborných učebních textů, především „Histologický atlas“ nebo dvoudílnou učebnici „Histologie a histologická technika“. Zdeněk Vacek publikoval stovky odborných textů z oblasti embryologie, je také autorem učebnice „Embryologie pro pediatry“.